Závěrečná zpráva grantu 042/2003/C/2.LF

Název projektu:	Etiopatogenesa a monitorování dětských akutních myeloidních leukemií
Hlavní řešitel:	Mgr. Tatiana Burjanivová
Spoluřešitelé:	MUDr. Jan Zuna, Ph.D.; MUDr. Eva Froňková; Doc.MUDr. Jan Trka, Ph.D.; Mgr. Júlia Starková; RNDr. Markéta Kalinová; Kateřina Mužíková
Období řešení:	2003-2003
Celková dotace:	299 tis. Kč

Souhrn výsledků

V rámci našeho projektu jsme vyšetřovali vzorky kostní dřeně a periferní krve pacientů s diagnosou akutní myeloidní leukemie (AML) na přítomnost námi vytipovaných aberací: fusních genů PML/RARalfa, CBFbeta/MYH11, AML1/ETO a interních tandemových duplikací genu FLT3 (FLT3/ITD). U fusních genů PML/RARalfa, CBFbeta/MYH11 a AML1/ETO jsme zavedli detekci těchto aberací na DNA i RNA úrovni. Na DNA úrovni jsou zlomy fusních genů v dlouhých intronových oblastech a jejich hledání je náročné. Na amplifikaci dlouhých úseků jsme proto zavedli metodu tzv. long-distance PCR. V případě genu AML1/ETO jsme použili na nalezení fusního místa obou genů 13 primerů, u PML/RARalfa 9 primerů a pro CBFbeta/MYH11 sedm primerů. FLT3/ITD jsme detekovali a sekvenovali u 7 pacientů našeho pilotního souboru s využitím klasické PCR a následné analysy na polyakrylamidovém gelu.
U všech těchto pacientů máme navrhnuty pacient specifické primery, které by měly amplifikovat pouze DNA s duplikací. Pomocí nested PCR jsme byli schopni dosáhnout citlivosti detekce 10-5 - to znamená, že jsme byli schopni detekovat přítomnost jedné buňky s duplikací na pozadí 100 000 buněk s FLT3 genem v germline konfiguraci. Specifickou intronovou fusi jsme zatím nalezli u 3 pacientů s fusním genem PML/RARalfa a u jednoho pacienta s CBFbeta/MYH11. U všech uvedených pacientů máme nashyntetisovány pacient specifické primery umožňující detekci leukemických buněk s velkou citlivostí i
z DNA získané například z archivovaného novorozeneckého materiálu (Guthrieho kartiček).