Závěrečná zpráva grantu 181/2002/B-FYZ/MFF

Název projektu:Teoretický popis interakcí přechodných kovů s modely biomolekul s použitím statických a dynamických metod kvantové mechaniky
Hlavní řešitel:Doc. RNDr. Ing. Jaroslav Burda, CSc.
Spoluřešitelé: Prof. RNDr. Lubomír Skála, DrSc.; Mgr. Michal Zeizinger; Mgr. Milan Šimánek; Mgr. Josef Šeda; RNDr. Vojtěch Kapsa, CSc.; Mgr. Matěj Pavelka; Jiří Mrázek; Tomáš Zimmermann
Období řešení:2002-2003
Celková dotace:400 tis. Kč

Souhrn výsledků

Úplný seznam publikované literatury vzniklý s podporou grantu GA UK č.181/2002:
• 1.Kopecký Jr., V.; Mojzeš, P.; Burda, J. V.; Dostál, L.: Raman Spectroscopy Study of Acid–Base and Structural Properties of 9-[2-(Phosphonomethoxy)ethyl]adenine in Aqueous Solutions. Biopolymers, 67(4-5), 285-288, (2002)
• 2. Bonačić-Koutecký, V; Burda, J.; Mitrić, R.; Ge, Maofa; Zampella, G.; Fantucci P.: Density functional study of structural and electronic properties of bimetallic silver–gold clusters: Comparison with pure gold and silver clusters. J.Chem.Phys. 117, 3120 (2002)
• 3. Mitric R., Burgel C., Burda J., Bonacic-Koutecky V., Fantucci P. : Structural properties and reactivity of bimetallic silver-gold clusters. European Phys. J. D, 24, 41 (2003)
• 4. Burda, J.V.; Šponer, J.;Hrabáková, J.; Zeizinger, M.; Leszczynski, J.: The Influence of N7 Guanine Modifications on the Strength of Watson-Crick Base Pairing and Guanine N1 Acidity: Comparison of Gas-Phase and Condensed-Phase Trends. J. Phys. Chem. B, 107(22), 5349-5356 (2003).
• 5. Burda, J.V.; Leszczynski J.: Deformations of the DNA helix: the influence of cisplatin as revealed by ab initio study of platinum(II) bridged DNA purine bases. Inorg. Chem. 42(22) 7162-7172(2003).
• 6. Burda, J.V.; Zeizinger, M.; Leszczynski, J.: Activation barriers and rate constants for hydration of platinum and palladium square-planar complexes: An ab initio study. J. Chem.Phys. 120, 1253-1262 (2004).
• 7. Zeizinger, M.; Burda, J.V.; Leszczynski, J.: The influence of sugar-phosphate backbone on the cisplatin bridged BpB’ models of the DNA purine bases. Quantum chemical calculations of the Pt(II) bonding characteristics. PCCP accepted.
• 8. Zimmermann T.; Zeizinger M.; Leszczynsky J.;Burda J.V.: Estimation of the Pt-S Coordination in Cisplatin-Cysteine and Cisplatin-Methionine Interactions; an ab initio and DFT computational study. J. Comput. Chem., in preparation
• 9. Burda J.V.; Pavelka M.; and Šimánek M.: Theoretical model of copper Cu(I)/Cu(II) hydration. DFT and ab initio quantum chemical study. Inorg. Chem.,  submitted
• 10. Burda J.V.; Shukla M.K.; Leszczynski J.: Computational DFT study of the conformers of hydrated Cu(I)- guanine complex. J. Phys. Chem. , in preparation
Konference
přednáška:  Quantum Systems in Physics and Chemistry, Casta-Papiernicka, Slovakia, 10-15.9.2002
poster: Quantum dynamical concepts: From diatomics to biomolecules Dresden, Germany, 15-20. 4. 2002
poster: Quantum BioInorganic Chemistry Örenäs castle, Sweden 27-29. 7. 2002
2 postery: 11th Conference on Current Trends in Computational Chemistry, Jackson USA, 1-2.11. 2002
3 postery: II Setkání českých a slovenských strukturních biologů, Nové Hrady, CZ, 13.-15.3.2003
2 postery: 12th Conference on Current Trends in Computational Chemistry, Jackson USA, 31.10.-1.11. 2003

Organizace mezinárodní konference: I Modeling Interactions in Biomolecules, NovéHrady, CZ, 15-20.9. 2003
65 účastníků (46 ze zahraničí) - prezentovány 3 postery.
Obhájeny 2 diplomové práce.