Závěrečná zpráva grantu 130/2002/B-BIO/PřF

Název projektu:Genomová analýza proteinů a proteinových komplexů účastnících se vesikulárního trasportu
Hlavní řešitel:Mgr. Marek Eliáš
Spoluřešitelé: RNDr.Dr. Fatima Cvrčková, Dr.rer.nat; ing. Martin Potocký
Období řešení:2002-2003
Celková dotace:147 tis. Kč

Souhrn výsledků

Zmapovali jsme fylogenetickou distribuci několika transportních proteinových komplexů (exocyst, TRAPP, COG, GARP) u eukaryot. Podařilo se nám nalézt zřejmého homologa kvasinkového proteinu Vps51p u dalších organismů, čímž jsme potvrdili obecně tetramerní strukturu GARP komplexu. Provedli jsme detailní strukturní a fylogenetickou analýzu eukaryotické fosfolipasy D (PLD) a popsali nové typy PLD s unikátní doménovou strukturou. Sestavili jsme databázi téměř 2000 malých GTPas nadrodiny RAS z genomů 35 organismů a provedli fylogentickou analýzu této nadrodiny. Objevili jsme několik nových, dosud nepopsaných tříd malých GTPas, jež mohou být spjaty s fungováním bičíku. Zrekonstruovali jsme pravděpodobnou sestavu typů malých GTPas ve společném předku recentních eukaryot. Provedli jsme rovněž analýzu exon-intronových struktur genů malých GTPas a vyvodili zajímavé obecné závěry vzhledem k evoluci intronů. V in vivo systému (tabákových listech) jsme pomocí transientní exprese studovali možnou interakci rostlinné podjednotky exocystu Sec10 s RabE1d z Arabidopsis thaliana.

Část výsledků z genomové analýzy exocystu byla použita v diplomové práci hlavního řešitele:
· Eliáš M, The exocyst complex in plants, 62 s., PřF UK, Praha 2002
Zkušenosti získané při řešení projektu byly začleněny do přednášky na tuzemské konferenci (3. Metodické dny, 20.- 24. října 2003, Žďárské vrchy – Milovy) a do souvisejícího přehledového článku:
· Potocký M, Použití bioinformatiky v rostlinné biologii – analýza proteinových sekvencí, Biologické listy 68 (3):239-246, 2003
Výsledky byly rovněž presentovány na mezinárodních konferencích:
· Eliáš M, Potocký M, Cvrčková F, Žárský V, Genomic analysis of the phospholipase D gene family, EMBO Workshop Genetics after the Genome, 16.-19.5. 2002, Brno (poster).
· Eliáš M, A comparative analysis of the RAB family of GTPases, European plant endomembrane meeting, 20.-22.6. 2003, Glasgow (přednáška); symposium Membrane trafficking in Plants, 23.-26.6. 2003, Glasgow (poster); Plant GEMs/GARNet Conference, 2.-6.9. 2003, York (poster).